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凡欲治病，先察其源，先候病机，五脏未虚，六腑未竭，血脉未乱，精神未散，服药必治。
若病已成，可得半愈。
病势已过，命将难全。”
此处首先告诫人们，有病必须早治；其次强调了疾病的痊愈与否，不能完全依赖药物的作用，主要是机体的防御机能和在药物干预下机体驱邪愈病的内在能力。
强调辨证施药《神农本草经?序录》提出“疗寒以热药，疗热以寒药，饮食不消，以吐下药，鬼疰蛊毒以毒药，痈肿疮疡以疮药，风湿以风湿药，各随其所宜。”
此语不但突出了辨证施治用药的主旨，还提示在辨证施治用药的前提下，务必要辨别疾病的性质（寒、热）用药，辨别病因而审因论治（如“饮食不消”
、“风湿”
），辨别病情轻重并根据病情轻重而施以用药（如“鬼疰蛊毒”
均为重危病症），还要辨别躯体病（如“痈肿疮疡”
、“风湿症”
）与内脏病（如“鬼疰蛊毒”
）的差异而用药。
前者用“疮药”
、“风湿药”
，后者用“毒药”
。
若通览书中365味药物的功效和主治，还可以发现，书中根据内科疾病、妇科疾病、外科疾病、五官科疾病、皮肤病等等不同病种而施以不同药物予以治疗，这些内容都充分体现了辨证施治的用药思想。
重视服药时间与疗效的关系《神农本草经?序录》认为：“病在胸膈以上者，先食后服药；病在腹以下者，先服药而后食；病在四肢血脉者，宜空腹而在旦；病在骨髓者，宜饱满而在夜。”
这说明本书作者在认真总结前人用药经验的基础上，认识到服药时间与药物疗效之间的密切关系。
践行“药有阴阳”
理论的价值《内经》首先提出了“药有阴阳”
理论，《本经》对这一理论予以践行。
所谓“药有阴阳”
，其含义甚广。
若仅从植物药与矿物药分阴阳，矿物药质地沉重而主降，属性为阴，植物药质地轻清而属阳。
若就植物药而言，凡药用其花、其叶、其枝者多属阳，若用其根、其干者多为阴。
如若对药物深层的内涵以阴阳分，则“阳为气，阴为味……阴味出下窍，阳气出上窍。
味厚者为阴，薄为阴之阳。
气厚者为阳，薄为阳之阴。
味厚则泄，薄则通。
气薄则发泄，厚则发热。”
“气味辛甘发散为阳，酸苦涌泄为阴”
，具体内容可详见于《素问?阴阳应象大论》。
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药有酸、咸、甘、苦、辛五味《本经?序例》所谓“药有酸、咸、甘、苦、辛五味”
，其本义是指人们可以品尝到的药物真实滋味以及其对人体气血阴阳的作用。
药物真实滋味不止五种，由于受事物五行属性归类理论的影响，于是自古至今，将药物之滋味统统纳之于五味之中，并将涩味附之于酸，淡味附之于甘，以合药物五味的五行属性归类。
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